El Real Instituto de Estudios Europeos fue fundado en Zaragoza en enero de 1986, al ingresar España en las Comunidades Europeas, presentándose formalmente el 10 de mayo ante S. A. R. Don Felipe de Borbón y Grecia, Príncipe de Asturias, en un acto en el que se celebró el Día de Europa con intervención del Secretario General del Consejo de Europa.
Desde el 25 de octubre de 1996, en que la recibió en Zaragoza el Presidente del Gobierno, José María Aznar, la Medalla del Instituto la han recibido, entre otras personalidades, Felipe González, Boutros Boutros-Ghali, Jose Manuel Durao Barroso, Manuel Fraga, Javier Solana, Loyola de Palacio, René-Jean Dupuy, Ricardo Díez Hochleitner, Javier Elorza, Maud de Boer-Buquicchio, Antonio Tajani y Juan Fernando López Aguilar, así como la Academia de Derecho Internacional de La Haya, la Universidad de Zaragoza y la Universidad San Jorge.
La vigésima promoción (2007-2008), integrada por participantes de trece países provenientes de catorce carreras, fue apadrinada por S. M. el Rey Juan Carlos I, quien recibió la primera Medalla de Oro del Instituto el 15 de octubre de 2001. La promoción 2010-2011 ha sido apadrinada por S. A. R. el Príncipe de Asturias, quien recibió a sus integrantes en el 25º. aniversario del Real Instituto de Estudios Europeos.
Otras personalidades como Jacques Delors, Felipe González, Giulio Andreotti, Javier Solana, Javier Elorza o Mario Draghi han aceptado así mismo apadrinar a promociones.
El 11 de mayo de 2016 S. M. el Rey Felipe VI recibió a una representación del Real Instituto de Estudios Europeos en su 30º. aniversario, incluyendo a la promoción Felipe González, y se le hizo entrega de la Medalla de Oro del Instituto.
El Real Instituto de Estudios Europeos, cuyo Presidente de Honor es S. M. el Rey, cuenta con un Comité de Honor compuesto por 25 importantes personalidades españolas y extranjeras.
El Instituto inició en 1988 la realización de este Programa Máster profesional, que se desarrolla de octubre a junio con periodicidad anual y está diseñado para ser compatible con el último curso universitario o con una actividad laboral. La presentación del mismo la realizó en Zaragoza el 10 de noviembre de 1988 el Ministro de Asuntos Exteriores, Francisco Fernández Ordóñez, Miembro del Comité de Honor del Instituto.
El Programa Máster se realiza en Zaragoza, pero incluye numerosas sesiones intensivas en Bruselas, Estrasburgo, Madrid, Luxemburgo y Fráncfort. Está organizado con la colaboración del Ministerio de Asuntos Exteriores y otros Ministerios, la Comisión Europea, el Consejo de la Unión Europea, el Parlamento Europeo, el Tribunal de Justicia de la Unión Europea, el Banco Central Europeo, el Banco Europeo de Inversiones, el Comité Económico y Social de la Unión Europea, el Consejo de Europa, Ibercaja, la Cátedra europea “Jean Monnet” de la Universidad de Zaragoza y otras instituciones. Cuenta con el apoyo técnico de Realizaciones Europa.
El Real Instituto de Estudios Europeos y el Ministerio de Asuntos Exteriores, tras autorización del Consejo de Ministros, tienen suscrito un acuerdo de colaboración que comporta la concesión anual del Premio “Ministro de Asuntos Exteriores Francisco Fernández Ordóñez” a la mejor Memoria de cada promoción del Programa Máster, que se publica. El número 1 de la promoción obtiene el Premio “Nicolás Cotoner y Cotoner, Marqués de Mondéjar”.